Mit dem Beitritt der Deutschen Demokratischen Republik zur Bundesrepublik Deutschland übernahm der Bundsminister der Verteidigung die Befehls- und Kommandogewalt über die deutschen Streitkräfte auf dem Gebiet der ehemaligen DDR. Zur Übernahme der luftwaffeneigentümlichen Aufgaben nahm die Luftwaffe bis zum Abzug der sowjetischen Streitkräfte eine Übergangsgliederung ein. Dazu wurde die Aufstellung des Kommandos der 5. Luftwaffendivision zum 1. April 1991 in Strausberg/Eggersdorf sowie der Aufstellungsstäbe der ihr unterstellten Verbände befohlen.
Zum 1. Oktober 1991 erfolgte daraufhin die Aufstellung des Luftwaffenversorgungsregimentes 5 in Trollenhagen, das truppendienstlich dem Kommando der 5. Luftwaffendivision nachgeordnet wurde.
Die Struktur dieses Luftwaffenversorgungsregimentes gestaltete sich vielfältig, schließlich setzte es sich aus 30 Dienststellen der ehemaligen NVA zusammen, die in den Bundesländern Mecklenburg-Vorpommern, Sachsen-Anhalt, Brandenburg, Sachsen und Berlin an 15 verschiedenen Standorten disloziert waren.
Im Zuge der Einnahme der Luftwaffenstruktur 4 wurde das Regiment zum 1. April 1994 dem Luftwaffenunterstützungskommando in Köln unterstellt.
Anlässlich des „Jahrhunderthochwassers“ an der Oder im Sommer 1997 wurden vom Luftwaffenversorgungsregiment 5 die eingesetzten Rettungshubschrauber mit Flugkraftstoff versorgt, Feuerwehrmänner wurden bereitgestellt sowie Hilfsmaterial ins Katastrophengebiet transportiert.
Zum 1. Juli 2002 wurde das Luftwaffenversorgungsregiment 5 aus dem Verantwortungsbereich der Luftwaffe entlassen und neu strukturiert in den Bereich der Streitkräftebasis überführt.
DIE KOMMANDEURE Oberst Müller-Gerhardtz, Dieter 03.10.1990 15.04.1991 Oberst Priller, Josef 16.04.1991 30.09.1992 Oberst Land, Wolfgang 01.10.1992 30.09.1994 Oberst Herrmann, Kurt 01.10.1994 31.03.1996 Oberst Kulterer, Klaus 01.04.1996 30.09.2000 Oberst Herzog, Ingbert 01.10.2000 30.05.2002 Oberst Klügel, Horst 01.06.2002 ??
Die NVA Flugplatzbasis 33 (eine Zusammenfassung rückwärtiger Dienste eines Geschwaders JG-2) bildet die Grundlage für den Aufstellungsstab Luftwaffenversorgungsregiment 5, der am 3. Oktober 1990 eingerichtet wird. Im Beisein von Neubrandenburgs Oberbürgermeister erhält das Luftwaffenversorgungsregiment 5 am 27. September 1991 seine Truppenfahne und wird am 1. Oktober 1991 in Dienst gestellt. Erster Kommandeur wird Oberst Priller. Mit dem Luftwaffenversorgungsregiment 5, dem personell stärksten Luftwaffenversorgungsregiment, wird ein großer Verband der „Neuen Bundeswehr“, allerdings kein fliegerischer, in Neubrandenburg heimisch.
Zum Luftwaffenversorgungsregiment 5 gehört die Fliegerhorststaffel mit Flugsicherungsbetriebspersonal und Feuerwehr, die seit Januar 1995 die Funktion als AMOB (Alternate Main Operating Base) für das Jagdgeschwader 73 „General Steinhoff“ und seiner QRA mit der MiG-29 sicherstellt.
Mit dem Org-Befehl 11/91 wurde auch die Aufstellung des Luftwaffenversorgungsregiment 5 in Trollenhagen zum 01.10.1991 befohlen.
Zur Aufstellung des Regiments wurde NVA-Personal der Flugplatzbasis 33 Trollenhagen verwendet. Das Lw-Versorgungsregiment-5 zählte zu den Verbänden der Einsatzunterstützung.
Damit wurden unter Führung des Luftwaffenversorgungsregiments-5 alle logistischen Unterstützungsfunktionen der zweiten logistischen Ebene zusammengeführt.
Dem Regiment waren unterstellt: Fliegerhorst-Staffel Trollenhagen--(aus Stabskp.33) Lw-Kfz-Transportstaffel 51 in Krugau --( aus Kfz-Transportkp.14) Lw-Kfz-Transporststaffel 53 in Trollenhagen-- ( aus Kfz-Transportzug 33, KfzInst-Werkstatt33, Kfz-Gerätelager 33) Luftwaffen- Material-Depot 51 in Krugau -- ( aus TVL 34, FuM/Flarak GL 31 und 33) Luftwaffen-Materialdepot 52 in Halberstadt -- ( aus Komplexlager 12) Luftwaffen-Betriebsstoffdepot 51 in Utzedel/Demmin-- (aus TSL-34 und T/S Labor LSK/LV) Luftwaffen-Munitionsdepot 51 in Schneeberg/Beeskow-- ( aus Munilager 14) Luftwaffenwerft 51 in Trollenhagen-- ( aus SVGE-33,FuMW-33,FTL-33, WWL-33,NFWL-14, NFWL-33,NFWL-31,FuMW-31, Teile ZMP) Lw-San Material Lager = Bw-Apotheke -- Krugau Luftwaffeninstandsetzungsbereich Cottbus-- ( aus: WFVT-14,MPStLager 14, FTL-14, FRW-14,FRW-24)
Der Erhalt der Fähigkeit zum Flugbetrieb in Trollenhagen erfolgte durch eine Fliegerhorstgruppe.
Zwei Lw-Kfz-Staffeln ( 51 Krugau und 53 Trollenhagen) übernahmen den Straßentransport in Ostdeutschland. Schon zum 01.01.91 wurden Standardrouten gebildet und in den Strassentransportverbund in den alten Bundesländern angeschlossen.
In Krugau begann der Aufbau des Luftwaffenmaterialdepot 51, sowie einer Bundeswehrapotheke und deren Befüllung mit "West-Artikeln". Das Luftwaffenbetriebsstoffdepot 51 in Utzedel übernahm die Betriebstoffversorgung im Norbereich von Ostdeutschland, auch für Heer und Marine. Im Luftwaffenmunitionsdepot 51 Schneeberg wurde ebenso Munition der Kategorie III gelagert, wie auch Einsatzmunition für die Luftwaffenverbände im Einzugsbereich. Die Untertageanlage Halberstadt diente bis zur Entscheidung zur Aufgabe der Anlage als Depot für einsatzwichtiges Luftfahrzeug-Material. Nach der Entscheidung wurde das Depot als Konzentrierungspunkt für Munition genutzt. Insgesamt waren dort über 1000 Tonnen NVA-Munition zwischengelagert.
Die Luftwaffenwerft 51 in Trollenhagen führte die Instandsetzung der Geräte des Radarführungsdienstes weiter und übernahm Umrüstarbeiten im Rahmen des Programms zur Herstellung der Funktionsbereitschaft und Betriebssicherheit.
Auf dem Flugplatz Cottbus wurde aus Teilen von insgesamt 9 Instandsetzungseinrichtungen der Luftwaffeninstandsetzungsbereich Cottbus gebildet. Neben Reparatur Arbeiten an Fernmelde-und Flugsicherungsgerät kalibrierten die Angehörigen der Einheit auf sehr hohem technischen Niveau übernommene Geräte und bauten eine Instandsetzung für das Waffensystem MiG-29 auf. Zu einem wesentlichen Zeitpunkt entwickelte sich später die Umrüstung der MiG-29 auf ISAO-Standard.