Das Marinestützpunktkommando Peenemünde wurde mit Befehl vom 8. März 1991 aufgestellt und dem Marinekommando Rostock unterstellt. Es diente als Liegeplatz für außer Dienst gestellte Schiffe und Boote der Volksmarine. Nach deren Verwertung wurde es zum 31. März 1996 aufgelöst.