Die 5. Luftwaffendivision hatte in der besonderen Übergangsstruktur Ost die Aufgabe der Auflösung übernommener NVA und LSK/LV Strukturen/Einheiten bis Ende 1992 vollzogen.

Daneben waren übergangsweise ehemalige LSK/LV Einheiten/ Strukturen / Verfahren in das System der Luftwaffe zeitweise zu integrieren und auch nachfolgend zweitweise übernommene Einheiten waren aufzulösen.
Daneben waren die Strukturen in der Luftwaffe Ost so vorzubereiten, dass ein nahezu nahtloser Übergang mit den vorgesehenen Verbänden in die Luftwaffenstruktur 4 möglich wurde.

Mit dem Aufbau des Gefechtsstandes Luftverteidigungssektor 5 in Fürstenwalde wurde der Auftrag der Einsatzführung als nationales SOC dorthin übertragen und die Einsatzführung der Verbände in Ostdeutschland erfolgte bis zum 31.12.1994 aus dem sogenannten "Fuchsbau".

Obwohl zeitweise als Führungsinformationsystem das LSK/LV Verfahren AMS ( Automatische Meldesystem) Arkona genutzt wurde, konnte nach und nach die Einführung des System "EIFEL" in die Verbände der Zielstruktur erfolgen.

Die Luftraumüberwachung wurde durch due Funktechnischen Truppen der ehem. LSK/LV mit russ. Radargerät übernommen.
In der Übergangsstruktur erfassten 4 Gefechtsstände von Radarführungsabteilungen die Luftlagedaten zwischen Kap Arkona und Thüringer Wald.
Diese Übergangsstruktur wurde schrittweise unter Reduzierung der Radarführungabteilungen auf 2 Gefechtsstände den Zielvorstellungen der Luftwaffenstruktur 4 angepasst.
Mit wirkung vom 31.12.2004 konnte der bisherige Radarführungsdienst Ost aufgelöst werden und die verbleibenden 2 Radarführungsabteilungen wurden truppendienstlich den Radarführungsregimentern 1 und 2 und damit der 4. bzw. 1. Luftwaffendivision unterstellt.

Ab dem 01.10.1993 konnte der Einsatz der Alarmrotte von Flugplatz Faßberg an den Flugplatz Laage übergehen, unter gleichzeitigem Einsatz des übernommenen Waffensystem MiG-29. Deren Zusammenführung mit Komponenten der F-4F Phantom zu einem Geschwader JG-73 am Flugplatz Laage erfolgte.

Mit der Verlegung der FlaRak Gruppe 31 als ersten "West" Verband nach Ostdeutschland und der Aufstellung des FlaRak Geschwader 2 mit zwei FlaRak Gruppen konnten auch dort die Einsatzaufträge erfüllt werden.

Die nach der Luftwaffenstruktur 4 nicht zur 3. Luftwaffendivision zählenden Elemente wurden entweder in einsatzfähigem Zustand an andere Kommandobereiche übergeben, wie das Luftwaffenversorgungsregiment 5 an das Luftwaffenunterstützungskommando - oder sie wurden aufgelöst, weil deren Aufgaben entfallen sind - wie der Flugsicherungsektor G.

Damit konnte die 5. Luftwaffendivision ihre Aufgaben der Übergangsstruktur erfüllen
So dass die 5. Luftwaffendivision zum 31.03.1994 aufgelöst wurde und aus ihr die 3. Luftwaffendivision Strausberg/Eggersdorf aufgestellt wurde.

Die 3. Luftwaffendivision bestand als Verband der Luftwaffe von 1963 bis 1994.
Im Jahre 1970 erfolgte die Verlegung des Kommandostabes von Münster nach Kalkar- wo die 3. Luftwaffendivision am 01.04.1994 außer Dienst gestellt wurde.
In Kalkar wurde an gleicher Stelle das Luftwaffenkommando Nord gebildet.
In der 3. Luftwaffendivision der (alten) Bundeswehr waren die Luftangriffsmittel gebündelt.

Zum 01.04.1994 wurde die 3. Luftwaffendivision an Stelle der 5. Luftwaffendivision neu aufgestellt.
Die 3. Luftwaffendivision residierte vorerst mit dem Kommando 3. LwDiv weiter in Eggersdorf/Strausberg und verlegte bis 1995 an den neuen Standort Berlin-Gatow.

Die 3. Luftwaffendivision unterschied sich erheblich von den Übergangsstrukturen der 5. Luftwaffendivision.
Bis Ende 1994 musste dem Vorhandensein von russischen Truppen in Ostdeutschland berücksichtigt werden- mit den Auswirkungen der gesonderten Einsatzunterstellung zum Gefechtsstand LV-Sektor 5 Fürstenwalde sowie der Sonderrolle zur Luftraumkoordinierung durch den Flugsicherungssektor G.

Die westlichsten Aspekte waren ab 01.01.1995 die Integration in den NATO Luftverteidigungs-Verbund sowie die Unterstellung von Verbänden in den alten Bundesländern - wie das Aufklärungsgeschwader 51 Jagel oder das Jagdgeschwader 72 Rheine.
Das Aufklärungsgeschwader 51 entstand durch Übernahme von Luftfahrzeugen von der Marine sowie aus Personal von in Schleswig-Holstein aufgelösten Luftwaffenverbände.
Das Jagdgeschwader 72 erlebte einen Neuaufbau, da aufgrund der ursprünglichen Verlegeplanung nach Laage die Regeneration im Bereich Rheine eingestellt worden war.
Insoweit hatte alle diese Verbände ihre Besonderheiten, die gut in die Tradition der 5. Luftwaffendivision passten.

Im Zuge der Luftwaffenstruktur 6 wurde die 3. Luftwaffendivision Berlin am 13.06.2006 außer Dienst gestellt und aufgelöst.

Die Einsatzverbände wechselten in die Unterstellung der 2. Luftwaffendivision Birkenfeld:
Einsatzführungsbereich 3 Holzdorf/Schönewalde
FlaRak-Geschwader 2 Bad Sülze/ Sanitz
JG-73 Laage
JBG-31 Nörvenich
JBG-33 Büdel