Am 07.07.1994 wurde im Rahmen eines feierlichen Appells im Fliegerhorst Trollenhagen die RadarFüAbt 33 vom RadarFüKdo 3 an das RadarFüRgt 1 übergeben.

Mit Wirkung vom 01.10.94 wurde schließlich die RadarFüAbt 33 in die RadarFüAbt 16 umgegliedert. Aus der RadarFüKp 331 gingen dann die RadarFüKp 161 und die TKp 162 hervor. Diese Bezeichnungen blieben bis zur Auflösung des Verbandes erhalten.

Die RadarFüAbt 16 unterzog sich am 30.11.94 einer ersten Verbandsübung. Das Ziel war es, den Verband baldmöglichst einer Einsatzüberprüfung zu unterziehen und letztendlich in die bestehende NATO-Luftverteidigungs-Struktur einzugliedern.

Ab 01.01.95 wurde die RadarFüAbt 16 als NATO COMMAND FORCE assigniert. Die erste NATO-QRA wurde daraufhin am 03.01.95 durch das CRC Pragsdorf geführt. Das CRC Pragsdorf war somit 'den Kinderschuhen entwachsen' und stellte sich dem anspruchsvollen Dienstbetrieb im NATO-LV-Verbund.

Nach einem vorherigen Abnahmetest wurde am 10.02.95 eine leistungsgesteigerte Hard- und Softwareversion von ARKONA in Betrieb genommen.

21.03.95: erster A-scramble durch das CRC Pragsdorf mit der QRA aus Laage.

Vom 15.-17.05.95 führte das RadarFüRgt 1 ein IOC (Initial Operational Capability) mit der RadarFüAbt 16 durch. Diese Überprüfung diente einer Bestandsaufnahme und zeigte, dass die Abteilung den Friedensauftrag im NATO - Rahmen erfüllen kann.

Ende August 1995 schließlich wurde in Elmenhorst der Radarturm übergeben, in Putgarten feierte man Richtfest für das Technik-Dienstgebäude und den Radarturm.

Am 10.10.95 führte das CRC erstmals ein scharfes Luftzielschießen über der Ostsee.

Die Woche vom 09.-12.09.96 stand ganz im Zeichen der ersten deutsch-polnischen LV-Übung "Amber Express".
Soldaten beider Seiten übten nach Regeln der Vereinten Nationen (UN) ein Flugverbot in einer fiktiven Flugverbotszone durchzusetzen.
Im gemeinsamen Gefechtsstand arbeitete unter Leitung des Kommandeur 4.LwDiv Generalmajor Westhoff und des Brigadegeneral Konieczny eine gemischte Besatzung aus polnischen und deutschen Soldaten. Die Luftlagebilder zweier polnischer und eines deutschen CRC wurden zusammengeführt und dienten als Grundlage für den Einsatz der beteiligten Kräfte.

Nach ca. 35 Jahren Arbeit mit russischer Radartechnik wurden am 06.01.97 gegen 16 Uhr die Geräte P 37 und PRW 13 in Pragsdorf abgeschaltet. Für eine Übergangszeit wurden diese Geräte noch einsatzbereit in Reserve gehalten , bevor sie später verschrottet wurden.
Gleichzeitig begann damit eine neue Ära , das CRC konnte nun mit den Daten des RRP 117 in Cölpin arbeiten, das am gleichen Tag in den Dauerbetrieb gegangen war.

Der 05.06.97 brachte den ersten Kommandeurswechsel der RadarFüAbt 16. Der Kommandeur des RadarFüRgt 1 übergab die Befehlsgewalt an OTL Martin Baum und dankte OTL Landrock für seine fast 7-jährige Kommandeurszeit.

Am 25.09.97 unterzeichneten die Kommandeure der RadarFüAbt 16, der dänischen Eskadrille 500 in Vedbaek und des polnischen 28. Radarbataillion in Gryfice im Beisein von Generalleutnant Höche, damaliger Befehlshaber des Luftwaffenführungskommandos einen Patenschaftsvertrag. Diese Patenschaft bescherte allen beteilgten Verbänden einen fruchtbaren Gedankenaustausch und war in dieser Form erstmalig so durchgeführt worden.

Am 17.04.98 stellte das CRC in Pragsdorf seine Arbeit ein. Es begann der Umzug nach Cölpin.

Am 07.05.98 wurde mit einer großen Party Abschied vom CRC-Standort Pragsdorf genommen.

Die letzte P-37 des Radarführungsdienstes wurde am 15.05.98 in Putgarten abgeschaltet. Gleichzeitig erfolgte die Inbetriebnahme des dortigen RRP-117.

12.06.98 09:00 Uhr: Das CRC Cölpin nahm seine Arbeit im neuen Gebäude auf. Es war mit neuester Informations- und Kommunikationstechnik ausgestattet und musste bereits ab 15.06.98 seine Funktionsfähigkeit im Rahmen der NATO-Übung "Central Enterprise" beweisen.

Durch den Kommandeur des RadarFüRgt 1 wurde OTL Wöstenfeld am 21.03.2000 zum neuen Kommandeur der RadarFüAbt 16 ernannt und OTL Baum verabschiedet.

23. bis 27.10.2000 :Nach Jahren der Umgliederung und Modernisierung hatte die Abteilung als erster Verband der Luftwaffe, der aus einer ehemaligen NVA-Einheit hervorging, bei einem TACEVAL seine Fähigkeiten unter Beweis zu stellen.
Examen bestanden! verkündete Lieutenant Colonel Reimann, US AirForce und Leiter des Überprüfungsteams. Er zeigte sich beeindruckt von den Fähigkeiten des Verbandes und schätzte ein, dass ein Unterschied zwischen den Soldaten aus Ost und West nicht erkennbar sei. Er wertete insbesondere das offene, vorbehaltlose Herangehen an die Aufgaben als äußerst positiv.

30.01.01 Mit dem Tagesbefehl des Inspekteurs Luftwaffe wurde deutlich, dass geplant war, die RadarFüAbt 16 aufzulösen. Der Cölpin als Standort sollte allerdings erhalten bleiben.

Die erste Soldatin FlgUA Sandra Voß trat am 22.02.01 ihren Dienst bei der Abteilung an.